Unter anderem studierte er die Schriften von Samuel Hahnemann und entwickelte ein Verfahren zur homöopathischen Aufbereitung von Darmbakterien, die sogenannten Bach-Nosoden. Bei seinen Studien war ihm aufgefallen, dass seine Patienten bei der gleichen Krankheit ganz unterschiedliche Gemütszustände zeigten. Daraus folgerte er, dass die Seelenlage den Verlauf der Krankheit bestimme und nicht umgekehrt.

Bach definierte sieben negative Gemütszustände, die den Krankheitsprozess und die Genesung bestimmten. Angst, Unsicherheit, Gleichgültigkeit, Einsamkeit, Überempfindlichkeit, Mutlosigkeit, übertriebene Fürsorge.

Bach zog aufs Land und fand nach und nach Pflanzen, die eine Umstimmung der Gemütslage bewirken sollten. Dr. Bach sah in einer Krankheit einen Ausdruck seelischen Ungleichgewichts. Die Bach-Blüten sollen die Seele, das Bewusstsein des Patienten mit seinem Körper in Harmonie bringen und dadurch zur Selbstheilung führen. Denn Disharmonien und Blockaden im Gemütsbereich führen seiner Meinung nach zu Krankheiten und Verhaltenauffälligkeiten. Bis zu seinem Tod hatte Bach 38 Pflanzen als Heilmittel definiert, mit denen er alle negativen Gemütszustände heilen wollte.